| 2008 | 97年度台灣哺乳動物誌(Ⅱ) | 林良恭 | 2008-12~2009-11 | 行政院國家科學委員會 |
| 2008 | 台灣高山田鼠的擴散模式與其婚配制度2/3 | 林良恭 | 2008-08~2009-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2008 | 柳杉人工林疏伐經營對生物多樣性、生態系結構與功能影響及復育過程之研究-人工林疏伐作業後鳥?與哺乳動物之棲地選擇(I) | 林良恭 | 2008-08~2009-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2008 | 樂樂地區鳥類及哺乳類監測調查暨生態教育宣導 | 林良恭 | 2008-04~2008-12 | 玉山國家公園管理處 |
| 2008 | 黑腹絨與高山田鼠之親緣地理學研究(四) | 林良恭 | 2008-04~2008-12 | 行政院農業委員會林務局 |
| 2008 | 社區林業人員生態調查教育培訓專業講習 | 林良恭 | 2008-04~2008-12 | 行政院農業委員會林務局 |
| 2008 | 雪霸國家公園觀霧地區蝙蝠族群調查及蝙蝠巢箱設置 | 林良恭 | 2008-01~2008-12 | 雪霸國家公園管理處 |
| 2007 | 台灣哺乳動物誌 | 林良恭 | 2007-12~2008-11 | 行政院國家科學委員會 |
| 2007 | 人工林不同疏伐強度作業對脊椎動物族群及群聚的影響(三) | 林良恭 | 2007-08~2008-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2007 | 台灣高山田鼠的擴散模式與其婚配制度(1/3) | 林良恭 | 2007-08~2008-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2007 | 玉山國家公園生態結構功能評析-樂樂地區生物多樣性調查(二) | 林良恭 | 2007-06~2007-12 | 玉山國家公園管理處 |
| 2007 | 黑腹絨與高山田鼠之親緣地理學研究(三) | 林良恭 | 2007-05~2007-12 | 行政院農業委員會林務局 |
| 2007 | 疏伐林木對生物多樣性影響之監測與評析(三) | 林良恭 | 2007-03~2007-12 | 東勢林區管理處 |
| 2006 | 人工林不同疏伐強度作業對脊椎動物族群及群聚的影響(二) | 林良恭 | 2006-08~2007-10 | 行政院國家科學委員會 |
| 2006 | 台灣地區兩種葉鼻蝠科蝙蝠之遺傳結構 | 林良恭 | 2006-08~2007-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2006 | 玉山國家公園生態系結構功能評析-樂樂地區生物多樣性調查 | 林良恭 | 2006-04~2006-12 | 玉山國家公園管理處 |
| 2006 | 疏伐林木對生物多樣性影響之監測與評析計畫 | 林良恭 | 2006-03~2006-12 | 東勢林區管理處 |
| 2005 | 人工林不同疏伐強度作業對脊椎動物族群及群聚的影響(一) | 林良恭 | 2005-08~2006-07 | 行政院國家科學委員會 |
| 2005 | 台灣兩種蝙蝠之生殖模式與其機制之研究 | 林良恭 | 2005-08~2006-07 | 行政院國家科學委員會 |