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本系大學部課程架構分為「校共同必修課程」、「通識課程」及「專業課程」三大領域。另外，系上亦提供一系列課程，由普通生物學、生物學學習方法、生物學研究導論、專題討論等，提供完整生命科學研究的能力訓練。
生科系目前開課總覽連結
108第二學期
108第一學期
（一）校共同必修及通識課程：
校共同必修及通識課程設計之目的，乃在配合學校教學目標理念，即培養學生具有基本的專業知識及技能、實際執行與領導統御之基本能力以及服務社會之能力。課程內容包括校訂之「共同必修」（14學分）：培養學生中文素養、語言能力；「通識課程」（14學分）：包含人文、自然、社會、文明與經典領域等四大領域，有助全人通才之養成。
※ 英文畢業門檻登錄系統： (檔案下載：東海大學英文能力畢業門檻實施辦法)
學生資訊系統→資料填寫→語文檢定→
持測驗『成績單或證書正本』及『影本一份』至系辦辦理確認手續→
作業完成。
（二）專業課程：
為了培育學生具有生命科學領域之基本知識，認識科學哲學及學習生物學研究方法，使學生對科學本質、科學精神、科學方法及研究態度有更深的素養與紮實的訓練，不論「生醫組」或「生態組」的同學均必修約62-64學分的專業課程。專業課程又依課程內容及目的分為「基礎科學教育課程」、「核心課程」及「進階課程」。
「基礎科學課程」
合計14學分，設計目的在於提供學生從事科學研究的基礎學識背景及訓練。包括微積分甲、普通化學及實驗、普通物理學、有機化學及實驗等四門課。
「核心課程」
合計30學分，設計的目的在於培養學生終身學習生物學及生物技術新知之能力及具備生命科學教學及研究之能力。包括普通生物學及實驗、生物學研究導論、遺傳學及實驗、生物統計學及實驗、生態學及實驗、演化學與分子生物學等七門課。
「進階課程」(學群必選修)
設計的目的在於培養學生勝任生物相關產業工作之能力及運用及整合生物相關資訊系統之能力。
配合學籍分組，協助學生擁有最大選修彈性，兩組分別規劃設計該領域之課程學群，學生可跨組選修。學群的設計是為了尊重學生性向，讓學生有選課的彈性，同時得以具備各學群的知識，均衡發展，從而提高學生的競爭力。
生醫組「分子與生物醫學學群」開設13門以上的課。學生須由學群中至少選修10學分。
生態組「個體暨生物多樣性學群」開設19門以上的課。學生須由學群中至少選修10學分。
（三）其他選修：
學群課程外，還有許多專業的選修課程，是為本系課程的特色與優勢。此外，由於生命科學是實證科學，實作能力非常重要。本系大部分課程均搭配豐富的實驗課程，以訓練學生實驗精神及動手解決問題的能力。
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